Der Konflikt in der im Westsudan gelegenen Provinz Darfur begann 2003, als die Spannungen zwischen sesshaften Stämmen (z.B. Fur, Masalit und Zaghawa) und arabischstämmigen Nomaden um Land- und Wasserressourcen eskalierten und sich zwei bewaffnete Rebellengruppen bildeten, welche für mehr Rechte der benachteiligten afrikanischen Stämme kämpften. Die sudanesische Regierung reagierte mit massiven Militäroperationen und begann zudem, arabischstämmige Nomaden-Milizen, die so genannten Janjaweed (auch “Fursan”, “Mujahideen” und “Bashmerga” genannt) zu unterstützen und auszurüsten, damit sie die Rebellengruppen bekämpften. Es kam zu massivsten Menschenrechtsverletzungen und zahlreichen Angriffen auf Zivilisten und zivile Objekte. Der im Januar 2005 veröffentlichte Bericht der UN Darfur-Ermittlungskommission sowie zahlreiche Darstellungen von NGOs sprechen von Massenexekutionen, Massenvergewaltigungen, Vertreibungen, Vernichtung von Dörfern, welche die Janjaweed, zum Teil mit direkter Regierungsunterstützung, zumindest aber immer mit deren Rückendeckung, begangen hatten. Ziel der Angriffe der Janjaweed - aber auch der afrikanischstämmigen Rebellengruppen - waren vor allem Zivilisten. Man geht davon aus, dass in dem nunmehr vier Jahre dauernden Konflikt über 200'000 Menschen getötet und mehr als 2 Millionen vertrieben wurden. Allein im benachbarten Tschad leben ca. 200'000 Flüchtlinge aus Darfur.
Nach mehreren gescheiterten Verhandlungsversuchen wurde schliesslich mit Vermittlungen der Afrikanischen Union am 5. Mai 2006 in Nigeria ein Friedensvertrag - das Darfur Peace Agreement - zwischen der Regierung und einer der Rebellengruppen - der Sudan Liberation Movement / Army (SLM/A) von Minni Minnawi abgeschlossen. Teile der SLM/A unter Abdul Wahid und das Justice and Equality Movement (JEM) von Khalil Ibrahim lehnten den Vertrag vorerst jedoch ab und schlossen sich erst im Juni 2006 an. Nebst politischen Fragen betreffend die Vertretung der Region Darfur auf nationaler und regionaler Ebene und der gerechten Verteilung natürlicher Ressourcen sollte der Friedensvertrag auch Sicherheitsfragen lösen, insbesondere die Entwaffnung der Janjaweed sowie die Integration der Rebellengruppen in die staatlichen Sicherheitskräfte.
Doch nach Abschluss des Friedensvertrages verschlimmerte sich die Lage im Darfur zusehends: Am Abkommen nicht beteiligte Rebellengruppen organisierten sich in der National Redemption Front (NRF) und griffen im Juli 2006 eine Kaserne der sudanesischen Armee an, woraufhin die Regierung im August zusätzliche Truppen nach Darfur verlegte und eine neue Offensive startete, bei der es erneut zu direkten Angriffen auf Zivilisten kam – auch durch Janjaweed-Milizen. Verschärft wurde die humanitäre Situation nicht nur durch die dadurch hervorgerufenen Flüchtlingsströme, sondern auch durch direkte Attacken auf Hilfsorganisationen, welche in der Folge ihre Arbeit in Darfur vorübergehend oder ganz einstellten.
Auch die zögerlich angelaufenen Massnahmen der internationalen Gemeinschaft vermochten die Situation nicht zu verbessern: Die seit Ende August 2006 in Darfur stationierten Truppen der African Union, die African Mission (AMIS), konnte das Morden nicht stoppen, sondern wurde vielmehr immer öfter selber angegriffen. Der UNO-Sicherheitsrat hatte mit der Resolution 1706 (2006) zwar den Transfer der bisher im Südsudan stationierten UNO Friedenstruppen - UNMIS - beschlossen, doch ein solcher wurde von der sudanesischen Regierung klar abgelehnt und konnte deshalb nicht wie vorgesehen bis Ende 2006 vollzogen werden. Deshalb haben sich die AU und die UNO im November 2006 auf eine Vergrösserung der AMIS zu einer gemeinsamen, einer so genannten "Hybridmission" geeinigt, der jedoch die sudanesische Regierung noch nicht zugestimmt hat. Bis die Pläne umgesetzt werden können, wurde vorerst das Mandat der AMIS bis Ende Juni 2007 verlängert.
Das Verhältnis zwischen der UNO und Sudan ist sowieso äusserst gespannt: Der UNO-Sondergesandte für den Sudan, Jan Pronk, wurde im Oktober 2006 des Landes verwiesen, nachdem er sich privat kritisch über die sudanesische Armee geäussert hatte, und eine Delegation des neuen UNO-Menschenrechtsrates, welche im März 2007 einen Bericht über die Situation in Darfur hätte abliefern sollen, hatte keine Visa erhalten und konnte so ihre Mission nicht durchführen.
Auch die Ermittlungen des IStGH-Anklägers werden von der sudanesischen Regierung ungern gesehen, da diese auf Anstoss des UNO-Sicherheitsrates hin erfolgten: Am 31. März 2005 hatte der Sicherheitsrat die Resolution 1593 angekommen mit der dem IStGH-Chefankläger die Situation in Darfur gemäss Art. 13 lit. b Römer Statut unterbreitet wurde.
Gemäss Berichten internationaler Menschenrechtsorganisationen weigern sich die sudanesischen Behörden bis heute, der Aufforderung des IStGH zur Kooperation nachzukommen. Die Regierung des Sudans hat das Römer Statut zwar unterzeichnet, aber nie ratifiziert. Dennoch ist sie aufgrund der Sicherheitsratsresolution 1593, welche eine Massnahme unter Kapitel VII der UNO Charta darstellt, unabhängig von einer Ratifikation verpflichtet, mit dem IStGH zu kooperieren. Stattdessen wurde auf nationaler Ebene ein Spezialgerichtshof zur Aufklärung kriegsbedingter Verbrechen in Darfur eingerichtet (Special Criminal Court on the Events in Darfur). Ein im Juni 2006 veröffentlichter Bericht von Human Rights Watch wirft der sudanesischen Regierung vor, die Errichtung dieses Spezialgerichtes ziele einzig darauf ab, im Sinne des in Art. 17 Römer Statut verankerten Grundsatzes der Komplementarität die Zuständigkeit des IStGH abzuwenden. | 
