Emmanuel Rukundo wurde am 1. Dezember 1959 in Kabgayi, Präfektur Gitarama, in Ruanda geboren. Nach einem Aufenthalt im Seminar von Nyakibanda wurde Rukundo im Juli 1991 zum Priester geweiht. Im Norden Kabgayis leitete er eine Pfarrei. Später wurde er zum Armeeseelsorger ernannt; diese Funktion hatte er während des Jahres 1994 inne.
Nach dem Völkermord in Ruanda verliess er das Land und ersuchte in der Schweiz um Asyl. Ab 1999 war er in der Pfarrei St. Paul in Genf als Vikar tätig.
Am 11. Juli 2001 ersuchte der Internationale Strafgerichtshof für Ruanda (International Criminal Tribunal for Rwanda - ICTR) das schweizerische Departement für auswärtige Angelegenheiten, Rukundo festzunehmen und an den Gerichtshof zu überstellen. Einen Tag später wurde er in Genf festgenommen.
Die Anklageschrift des UNO-Tribunals für Ruanda wirft Rukundo Völkermord und Verbrechen gegen die Menschlichkeit vor.
Rukundo habe eine extreme Hutu-Position eingenommen und sei in die Mobilisierung gegen die Tutsis involviert gewesen. Er sei verantwortlich für die Ermordung zahlreicher Tutsis. Er habe im Verlaufe der Unruhen in Ruanda viele Tutsis bei der Armee und den Behörden denunziert, indem er Listen mit Namen und dem Aufenthaltsort von Tutsis weitergegeben habe. Viele von ihnen seien daraufhin getötet worden. In Begleitung von Soldaten habe er sich auf die Suche nach flüchtigen Tutsis gemacht, um sie zu töten. Über die Tutsis habe er Folgendes gesagt: "Tutsis sind ein Volk, das zerstört werden muss. Wir müssen sie mit allen Mitteln bekämpfen".
Trial Watch möchte daran erinnern, dass jede von nationalen oder internationalen Behörden verfolgte oder angeklagte Person solange als unschuldig zu gelten hat, bis ein rechtskräftiger Schuldspruch vorliegt.