Agathe Kanziga Habyarimana est née en 1942 à Karago, dans la préfecture de Gisenyi, actuelle Province de l’Ouest, au Rwanda. Agathe Habyarimana, née Kanziga, n’avait jamais fait parler d’elle avant les années 1990. Ancienne institutrice, elle était plutôt discrète et a évolué dans l’ombre de son mari, se contentant d’accomplir des tâches purement protocolaires.
Selon plusieurs sources, c’est pendant la guerre civile, entre 1990 et 1994, qu’elle aurait joué un rôle important dans les affaires du pays à travers l’Akazu, ce cercle restreint aux pouvoirs parallèles composé de civils et de militaires très proches de Juvénal Habyarimana. C’est dans ce milieu, repaire d’extrémistes opposés à toute négociation avec les rebelles du Front patriotique rwandais (FPR), que le génocide aurait été conçu, élaboré et exécuté.
Le génocide rwandais s’étend du 6 avril au 4 juillet 1994. L'ONU estime que quelque 800’000 Rwandais, Tutsis et Hutus modérés, ont trouvé la mort durant ces trois mois.
Le 6 avril 1994, en phase d'atterrissage à Kigali, le Falcon transportant Juvénal Habyarimana, président de la République du Rwanda du 5 juillet 1973 au 6 avril 1994, a été abattu par des missiles sol-air. Le chef de l'Etat ainsi que le président burundais Ntaryamira, présent aussi dans l'avion, sont décédés sur le coup. Cet événement est généralement considéré comme l'élément déclencheur du génocide rwandais.
Le 9 avril 1994, Agathe Habyarimana a été évacuée vers Paris par des militaires français lors de l’opération Amaryllis qui a duré du 8 au 14 avril 1994. Après une longue escale à Bangui, elle arrive à Paris, le 17 avril. Elle passe une semaine à l’hôtel avant d’aller occuper l’appartement familial, avenue Mozart, dans le XVIème arrondissement.
À l’époque, elle est reçue par des fonctionnaires du Quai d’Orsay, sa sécurité est assurée par la police française. Ce premier séjour en France est de courte durée. En septembre, elle gagne Libreville, au Gabon, à l’invitation d’Omar Bongo Ondimba, et ensuite Gbadolite, au Zaïre, où Mobutu a organisé les obsèques de son mari. Munie d’un passeport diplomatique délivré par les Zaïrois, elle se rend au Kenya.
Agathe Habyarimana retourne au Zaïre fin 1995, craignant des « menaces du FPR ». En avril 1997, peu avant la chute de Mobutu, elle s’installe au Gabon, où on lui accorde un passeport diplomatique sous un faux nom. À la suite de nouvelles menaces qui, selon l’intéressée, proviennent du FPR, elle quitte Libreville et entre clandestinement en France où elle réside actuellement en situation irrégulière.
Sa demande d'asile, déposée en janvier 2004, est rejetée par l'Office français de protection des réfugiés et apatrides (OFPRA) le 4 janvier 2007.
Après treize ans de séjour en France, son recours est rejeté le 15 février 2007 par la Commission des recours des réfugiés (CRR, devenue la Cour nationale du droit d’asile), qui souligne notamment son rôle présumé dans le génocide rwandais de 1994. Pour la CRR, il existe des raisons sérieuses de penser qu'elle aurait participé « en tant qu'instigatrice ou complice » au « crime de génocide », selon les termes de la décision. Elle l'a en conséquence exclue du bénéfice de la convention de Genève et de la protection subsidiaire. La CRR juge également que ses déclarations, « non crédibles, […] doivent être regardées comme traduisant sa volonté d'occulter les activités qui ont en réalité été les siennes durant la période de préparation, de planification et d'exécution du génocide ».
Cette décision est confirmée le 16 octobre 2009 par le Conseil d'État. L’autorité rejette son pourvoi en cassation, estimant qu'il y avait des « raisons sérieuses de penser » qu'elle pouvait être impliquée « en tant qu'instigatrice ou complice » dans le « crime de génocide ». Elle pourrait désormais être expulsée, bien que cela soit peu probable.
Trial Watch rappelle que jusqu'à ce qu'une éventuelle condamnation soit entrée en force, toute personne accusée ou poursuivie par une juridiction nationale ou internationale est présumée innocente.