Le conflit dans le Darfour, province de l’ouest du Soudan, a débuté en 2003 quand les tensions engendrées par la répartition des ressources en terre et en eau se sont exacerbées entre les tribus sédentaires (par ex. Four, Masalit et Zaghawa) et les nomades arabes, et que deux groupes rebelles armés se sont constitués pour revendiquer plus de droits pour les tribus défavorisées d’origine africaine. Le gouvernement soudanais a réagi par des opérations militaires massives et a commencé à soutenir et à armer des milices nomades d’origine arabe, les Janjawid (nommées aussi “Fursan”, “Moudjahidine” et “Bashmerga”), afin qu’elles combattent les groupes rebelles. Il en a découlé des violations des droits de l’homme extrêmement violentes et de nombreuses attaques sur des populations et sur des objectifs civils. Le rapport de la commission d’enquête des Nations Unies sur le Darfour, publié en janvier 2005, ainsi que de nombreux rapports d’ONG parlent d’exécutions et de viols de masse, d’expulsions de population, de destructions de villages commis par les Janjawid, partiellement avec le soutien direct du gouvernement soudanais, mais au moins toujours avec son appui. Les objectifs des attaques des Janjawid – mais aussi des groupes rebelles d’origine africaine – ont surtout été les populations civiles. On estime généralement que depuis le début du conflit, qui dure maintenant depuis quatre ans, plus de 200'000 personnes ont été tuées et plus de 2 millions d’individus ont été déplacés. Rien que dans le Tchad voisin vivent environ 200'000 réfugiés provenant du Darfour.
Après plusieurs tentatives de négociation sans succès, un accord de paix – le Darfur Peace Agreement – a été finalement conclu le 5 mai 2006 au Nigeria, avec l’entremise de l’Union africaine (UA), entre le gouvernement et l’un des groupes rebelles, l’Armée/Mouvement de libération du Soudan (SLM/A) de Minni Minnawi. Une partie des éléments du SLM/A, conduits par Abdul Wahid, ainsi que le MJE (Mouvement pour la justice et l’égalité) de Khalil Ibrahim ont d’abord refusé cet accord et ne s’y sont ralliés qu’en juin 2006. Outre les questions politiques concernant la représentation de la région du Darfour au niveau national et régional et la répartition équitable des ressources naturelles, l’accord de paix devrait aussi résoudre les questions de sécurité, en particulier le désarmement des Janjawid ainsi que l’intégration des groupes rebelles dans les forces de sécurité de l’Etat.
Toutefois, après la conclusion de l’accord de paix, la situation au Darfour s’est rapidement aggravée: les groupes rebelles qui n’avaient pas participé à l’accord se sont organisés dans le Front national du salut (National Redemption Front – NRF), et ont attaqué en juillet 2006 une caserne de l’armée soudanaise, après quoi le gouvernement a envoyé, en août, des troupes supplémentaires vers le Darfour. Une nouvelle offensive a alors été lancée, au cours de laquelle se sont produites de nouvelles attaques directes contre des populations civiles, auxquelles les milices Janjawid ont également pris part. La situation humanitaire s’est aggravée non seulement en raison du flot de réfugiés, mais aussi à cause des attaques directes perpétuées contre des organisations d’aide humanitaire qui se trouvaient au Darfour en raison de leur travail, temporaire ou permanent.
Même les mesures prises avec hésitation par la communauté internationale ne sont pas parvenues à améliorer la situation. Les troupes de l’Union africaine, la Mission africaine (AMIS), stationnées depuis fin août 2006, n’ont pas pu arrêter les massacres, mais ont même le plus souvent été elles-mêmes attaquées. Le Conseil de sécurité des Nations Unies a certes décidé par la résolution 1706 (2006) le transfert des troupes de l’ONU stationnées jusque là au Sud-Soudan – l’UNMIS –, mais un tel transfert a été clairement refusé par le gouvernement soudanais et n’a pu être mis en oeuvre comme prévu jusqu’à fin 2006. C’est pourquoi l’UA et l’ONU en novembre 2006 ont convenu d’un renforcement de l’AMIS devenant ainsi une « mission hybride » à laquelle le gouvernement soudanais n’a toutefois pas encore donné son consentement. Jusqu’à ce que les plans soient réalisés, le mandat de l’AMIS a été prolongé, dans un premier temps, jusqu’à fin juin 2007.
Les rapports entre l’ONU et le Soudan sont, de toute manière, extrêmement tendus. Le représentant spécial de l’ONU au Soudan, Jan Pronk, a été expulsé du pays en octobre 2006, après avoir exprimé en privé des critiques sur l’armée soudanaise; une délégation du nouveau Conseil des droits de l’homme qui devait fournir, en mars 2007, un rapport sur la situation au Darfour, n’a pas obtenu de visa et n’a pas pu de ce fait accomplir sa mission.
Les enquêtes du procureur de la Cour pénale internationale sont aussi vues d’un mauvais œil par le gouvernement soudanais, car celles-ci ont lieu sous l’impulsion du Conseil de Sécurité de l’ONU : le 31 mars 2005, le Conseil de Sécurité a adopté la Résolution 1593 par laquelle il a déféré la situation au Darfour au procureur en chef de la Cour pénale internationale selon l’art. 13 lit. b du Statut de Rome.
Selon des rapports des organisations internationales des droits de l’homme, les autorités soudanaises ont refusé jusqu’à aujourd’hui les injonctions de la Cour pénale internationale d’obtempérer à la coopération. Le gouvernement du Soudan a certes signé le Statut de Rome, mais ne l’a jamais ratifié. Pourtant, le Soudan a l’obligation, sur la base de la résolution du conseil de sécurité 1593, adoptée sur la base du Chapitre VII de la Charte des Nations Unies, de coopérer avec la Cour pénale internationale, indépendamment de sa ratification. Au lieu de cela, un tribunal pénal spécial sur les évènements au Darfour a été mis sur pied par le Soudan pour examiner les crimes commis durant le conflit au Darfour (Special Criminal Court on the Events in Darfur). Un rapport de Human Rights Watch publié en juin 2006 reproche au gouvernement soudanais la création de ce tribunal spécial, qui ne viserait qu’à contourner le principe de complémentarité, ancré à l’art. 17 du Statut de Rome de la Cour pénale internationale. | 
