Donaldo Alvarez Ruiz a étudié le droit et obtenu son brevet d'avocat. Il a aidé les militaires à former un parti politique, le PID (Partido Institucional Democrático), dont il est a exercé le poste de secrétaire général, avant d'être député au Congrès. Il est alors devenu le secrétaire privé du dictateur Carlos Arana Osorio de 1970 à 1974, puis de nouveau député et ensuite président du Congrès.
Le général dictateur Kjell Laugerud le nomme ministre de l'Intérieur en 1976, responsable de la sécurité interne, c'est-à-dire ministre de la Police et des polices secrètes. En 1978, il est confirmé à son poste par le nouveau dictateur général Romeo Lucas García (1978-1982).
Après le coup d'Etat du général Rios Montt (cf. ramifications) en 1982, il s'installe au Mexique.
Alvarez Ruiz est connu pour avoir organisé des escadrons de la mort et élaboré des listes de gens à torturer et faire disparaître.
Trial Watch rappelle que jusqu'à ce qu'une éventuelle condamnation soit entrée en force, toute personne accusée ou poursuivie par une juridiction nationale ou internationale est présumée innocente.