Emmanuel Ndindabahizi est né en 1950 dans la commune de Gitesi, préfecture de Kibuye au Rwanda.
Il a été nommé Ministre des Finances au sein du gouvernement intérimaire le 8 avril 1994 et a occupé ce poste jusqu’à la chute du gouvernement à la mi-juillet 1994, moment où il a pris la fuite en RDC (République démocratique du Congo).
Il est reproché à Emmanuel Ndindabahizi d’avoir joué un rôle dans les massacres de Gitwa Hill, qui se sont déroulés entre le 17 et le 26 avril 1994. Il s’agit d’endroits où des milliers de Tutsis s’étaient réfugiés et ont fini par trouver la mort. Ndindabahizi est également accusé d’avoir pris part à des massacres ayant eu lieu en avril et mai 1994 auprès des barrages routiers dans la commune de Gitesi, préfecture de Kibuye, sa région d’origine.
Emmanuel Ndindabahizi est arrivé en Belgique début 2001, où il a séjourné légalement en attente de la décision relative à sa demande d’octroi du droit d’asile.
Trial Watch rappelle que jusqu'à ce qu'une éventuelle condamnation soit entrée en force, toute personne accusée ou poursuivie par une juridiction nationale ou internationale est présumée innocente.