Inculpé pour crimes contre l'humanité par le groupe d’enquête sur les crimes graves du Tribunal du district de Dili; rendu coupable et condamné a 5 ans d'emprisonnement le 12 mars 2003; acquitté en appel
Le colonel Mohammad Noer Muis est né en 1953, probablement à Aceh. Il est militaire de formation et a exercé son métier dans diverses provinces indonésiennes ainsi qu’en Irak dans les troupes de maintien de la paix des Nations Unies. Il a été commandant militaire du Timor oriental du 13 août 1999 au 30 mars 2000.
La mise en cause de sa responsabilité pénale remonte aux événements qui ont eu lieu au Timor oriental en 1999. Environ 1'400 personnes ont été tuées dans les mois qui ont précédé un référendum sur l’indépendance de la région organisé par les Nations Unies le 30 août 1999 et dans les jours qui ont suivi ce vote. Par ailleurs, plus de 250'000 personnes ont été transférées de force ou ont fui vers le Timor occidental et l’Indonésie. Un grand nombre de personnes ont aussi été victimes d’autres violations des droits de l’homme, notamment d’actes de torture et de viols. Ces crimes ont été perpétrés par des milices soutenues et coordonnées par des membres des forces armées, de la police et des autorités civiles indonésiennes pour influencer le référendum et perturber la mise en application des résultats.
La responsabilité directe de Mohammad Noer Muis a aussi été évoquée pour des affaires déterminées. Des troupes placées sous ses ordres auraient notamment commis un massacre dans les bâtiments du diocèse de Dili le 5 septembre 1999. Il refusa par ailleurs de secourir 5'000 personnes réfugiées qui furent attaquées le lendemain dans la résidence de l’évêque Belo le 6 septembre 1999. Il aurait aussi soutenu l’attaque de église de Suai le 6 septembre 1999, qui aurait fait 26 morts (et jusqu'à 60 selon certaines sources).
Mohammad Noer Muis a par la suite été promu au rang de brigadier général.
Trial Watch rappelle que jusqu'à ce qu'une éventuelle condamnation soit entrée en force, toute personne accusée ou poursuivie par une juridiction nationale ou internationale est présumée innocente.