Le major général Zacky Anwar Makarim est né le 14 avril 1948 à Jakarta. Il est militaire de formation et s’est notamment engagé au Timor oriental et en Irian Jaya au cours de sa carrière. En 1997, il a été nommé directeur de l’agence de renseignement des forces armées indonésiennes. Il a occupé ce poste jusqu’en 1999.
La mise en cause de sa responsabilité pénale remonte aux événements qui ont eu lieu au Timor oriental en 1999.
Environ 1400 personnes ont été tuées dans les mois qui ont précédé un référendum sur l’indépendance de la région organisé par les Nations Unies le 30 août 1999 et dans les jours qui ont suivi ce vote. Par ailleurs, plus de 250'000 personnes ont été transférées de force ou ont fui vers le Timor occidental et l’Indonésie. Un grand nombre de personnes ont aussi été victimes d’autres violations des droits de l’homme, notamment d’actes de torture et de viols.
Ces crimes ont été perpétrés par des milices soutenues et coordonnées par des membres des forces armées, de la police et des autorités civiles indonésiennes pour influencer le référendum et perturber la mise en application des résultats du référendum.
Quoique n’exerçant pas un poste officiel au cours de ces événements, Zacky Anwar Makarim aurait exercé un pouvoir décisif. C’est lui qui aurait été chargé par le général Wiranto d’organiser toute la campagne de déstabilisation du processus référendaire.
Il aurait ainsi planifié toute l’opération et encouragé et armé les groupements favorables à l’Indonésie. Il aurait par ailleurs assuré la coordination entre les pouvoirs locaux et les autorités de Jakarta.
Le 22 février 2003, Zacky Anwar Makarim et sept autres gradés militaires et des personnalités civiles, furent mis en accusation par l’Unité des crimes graves, crée par l'Administration transitoire des Nations Unies au Timor oriental (ATNUTO).
Trial Watch rappelle que jusqu'à ce qu'une éventuelle condamnation soit entrée en force, toute personne accusée ou poursuivie par une juridiction nationale ou internationale est présumée innocente.