Le 11 juillet 2001, le TPIR a demandé au Département suisse des Affaires Etrangères d’arrêter Rukundo et de le transférer au Tribunal. Un jour plus tard, il a été arrêté à Genève.
Le 10 août 2001, le Tribunal fédéral confirme la détention en vue de l’extradition et le 3 septembre le transfert au TPIR.
Rukundo a été remis au TPIR le 20 septembre 2001.
Son procès devant le TPIR s'est ouvert le 15 novembre 2006 et s'est terminé le 20 février 2008.
Le 20 février 2008, le procureur a requis la prison à vie contre Emmanuel Rukundo. Le co-conseil de Rukundo, pour sa part a demandé l'acquittement. La défense a relevé la fin précipitée de la présentation de la preuve à décharge, alléguant que la défense a été empêchée de citer au moins trois témoins.
Le 27 février 2009, Rukundo a été reconnu coupable de génocide, ainsi que de meurtre et extermination en tant que crimes contre l'humanité. Il a été condamné à 25 ans d'emprisonnement.
Trial Watch rappelle que jusqu'à ce qu'une éventuelle condamnation soit entrée en force, toute personne accusée ou poursuivie par une juridiction nationale ou internationale est présumée innocente.
