Doenitz a été inculpé des chefs 1 (plan concerté), 2 (crimes contre la paix) et 3 (crimes de guerre). Il a plaidé non coupable.
Sous le chef d'inculpation numéro 1, Doenitz a été acquitté. En effet, le Tribunal n'a pu retenir contre lui le fait d'avoir participer à la planification d'un crime contre la paix. Toutefois, il a été reconnu coupable d'avoir conduit une guerre agressive en raison du rôle prédominant qu'il a joué en mer dès le début de la guerre. Sous ses ordres, les sous-marins ont occasionné d'énormes dégâts non seulement à la flotte alliée mais également aux bateaux neutres. Le Tribunal l'a donc reconnu coupable au titre du chef d'inculpation numéro 2.
Doenitz a enfin été reconnu coupable de crimes de guerre. Le Tribunal a notamment retenu son "Laconia Order" (1942) interdisant à la flotte sous-marine de venir en aide aux survivants des bateaux coulés. En outre en 1945, Doenitz a conseillé à Hitler de ne pas dénoncer la Convention de Genève pour sauver la face mais de la violer quand bon lui semblait.
Le Tribunal militaire international de Nuremberg a condamné Doenitz à 10 ans de prison pour crimes contre la paix (2) et crimes de guerre (3).
Son pourvoi auprès du Conseil de contrôle a été rejeté le 10 octobre 1946.
Sa peine purgée à la prison de Spandau, Doenitz est libéré en 1956 après 11 ans et 4 mois d’emprisonnement. Il est décédé le 24 décembre 1980.
Trial Watch rappelle que jusqu'à ce qu'une éventuelle condamnation soit entrée en force, toute personne accusée ou poursuivie par une juridiction nationale ou internationale est présumée innocente.
