Suite à la chute de la junte militaire, Roberto Eduardo Viola est, avec d'autres responsables de la dictature, mis en accusation et jugé.
Son procès - et celui de la junte militaire - s'ouvre le 22 avril 1985. Viola est accusé de nombreuses violations des droits de l’homme.
Le 9 décembre 1985, il est condamné à 17 ans de prison.
En décembre 1990, il est toutefois gracié par le président Menem et libéré.
Roberto Eduardo Viola est décédé le 30 septembre 1994.
Trial Watch rappelle que jusqu'à ce qu'une éventuelle condamnation soit entrée en force, toute personne accusée ou poursuivie par une juridiction nationale ou internationale est présumée innocente.